Построен в первые годы после воссоединения Республики Крым с Российской Федерацией в рамках исполнения Федеральной целевой программы «Социально-экономическое развитие Республики Крым и г. Симферополь до 2020 года», при поддержке Президента РФ Путина Владимира Владимировича.
МРМЦ является филиалом Федерального научно-клинического центра Федерального медико-биологического агентства России, что позволило дополнительно привлечь в Республику Крым высококвалифицированные медицинские кадры.
Проект создания Центра был реализован ФМБА России в рекордно короткие сроки. Всего за 11 месяцев после начала работ Центр принял первого пациента. Официальное открытие состоялось 1 июня 2017 г.